Schon während des Studiums zog es ihn zum Theater.  Er begann seine Theaterarbeit in der Festivalorganisation, bei den Festivals „Theater der Welt“ unter der Leitung von Matthias Lilienthal und der „Bonner Biennale“ unter Manfred Beilharz und Tankred Dorst. In der Folge arbeitete er mehrfach in der Organisationsleitung und als Spielstättenkoordinator für das neu konzipierte Festival „Biennale Bonn“ unter der Leitung von Klaus Weise und Steffen Kopetzky.

Nach mehreren Regiearbeiten in der freien Theaterszene, sowie Gast-Regieassistenzen am Southern Repertory Theatre in New Orleans (USA) und am Theater Bonn, wechselte Kerbel vom Festivalbereich in das Regiefach. Als Regieassistent am Theater Bonn, wurde er geprägt durch Zusammenarbeiten mit Frank-Patrick Steckel, Hans Hollmann, Klaus Weise, Richard Maxwell (New York City Players), Thirza Bruncken, David Mouchtar-Samorai, Kay Voges und dem Regiekollektiv Rimini Protokoll.

Als Regisseur verbindet Jens Kerbel eine intensive Zusammenarbeit mit dem Theater Bonn, dem Theater Heilbronn, dem Oldenburgischen Staatstheater und dem Theater Chemnitz, für die er schon zahlreiche Inszenierungen erarbeitet hat. Weitere Stationen sind und waren das Nationaltheater Weimar, das Schauspiel Dortmund, das Hessische Staatstheater Wiesbaden, das Theater Vorpommern, das Stadttheater Bremerhaven, das Hessische Landestheater Marburg und die Festivals Ruhr2010 und Duisburger Akzente.

Zu seinen Inszenierungen zählen u.a. die deutschsprachigen Erstaufführungen von Greg MacArthurs SCHNEEMANN und Polly Stenhams THAT FACE für das Theater Bonn, wie auch die Uraufführungen der Filmadaptionen DAS MÄDCHEN AUS DER STREICHHOLZFABRIK nach dem gleichnamigen Film von Aki Kaurismäki und TUVALU nach dem gleichnamigen Film von Veit Helmer, für die Festivals Ruhr2010 und Duisburger Akzente, die er gemeinsam mit Regiepartnerin Jennifer Whigham, der Dramaturgin Kristina Wydra und der Ausstatterin Gesine Kuhn unter dem Label „P E T projects“ entwickelte. Das 2010 gegründete Künstlerkollektiv widmete sich der Erarbeitung von theatralen Stadt- und Raumkonzepten und dem Versuch von Grenzgängen zwischen darstellender und bildender Kunst. Zuletzt entwickelte „P E T projects“, als Eröffnungsproduktionen, die Konzeptstücke DER HIMMEL ÜBER DER RUHR und 2018.THE WORLD DIES SCREAMING für die Duisburger Akzente. Für das Nationaltheater Weimar inszenierte er die Uraufführung von Jens Raschkes Stück PETTY EINWEG.

Zudem entwickelte er gemeinsam mit dem Musiker Michael Barfuß mehrere Liederabende, darunter auch die Revue TAUSEND WÜNSCHE EINE QUELLE – ODER: DER PFENNIG IST DIE SEELE DER MILLIARDE, die sich dem Untergang des Quelle-Imperiums widmete.

Von 2008 bis 2010 leitete Kerbel am Theater Bonn das Late-Night Format NACHTWERK. In der Spielzeit 2010/11, kehrte er kurzzeitig zurück in den Festival-Bereich und übernahm, gemeinsam mit der Dramaturgin Stephanie Gräve, die künstlerische Leitung des Festivals SZENE:NEW YORK, das sich mit neuer amerikanischer Dramatik beschäftigte.

Weiterhin leitete er am Theater Bonn, gemeinsam mit dem Regisseur Frank Heuel, die Performance-Reihe WIRKLICHKEITSTEST, eine theatrale Stadterkundung, die an sieben Tagen, mit über 25 Interventionen an verschiedenen Orten der Stadt, die Grenzen zwischen Theater und Realität auszuloten versuchte.

Seit 2011 ist Jens Kerbel auch als Opernregisseur tätig. Für die Oper Bonn erarbeitete er mit jungen Sängerinnen und Sängern Kinder- und Jugendopern. Dabei widmet er sich der szenischen und musikalischen Ausbildung der SängerInnen, wie auch der Vermittlung von musikdramatischen Inhalten und Darstellungsformen. Mit ELOISE von Karl Jenkins, PEER GYNT nach Henrik Ibsen und Edvard Grieg, DIE ARABISCHE PRINZESSIN von Juan Crisóstomo de Arriaga  und Maurice Ravels DAS KIND UND DER ZAUBERSPUK, entstanden vier Produktionen.

In der Spielzeit 2014/15 stellte er sich mit seiner Inszenierung von Jonathan Doves Oper PINOCCHIOS ABENTEUER am Oldenburgischen Staatstheater vor, es folgten die Inszenierungen der Kinder- und Jugendoper THE PIPER OF HAMELIN von Jonathan Rutter und der Oper DAS TAGEBUCH DER ANNE FRANK von Grigori Frid. Beide Produktionen entstanden in Kooperation mit der Toneelakademie Maastricht (NL), mit der er seit 2015 enge Kontakte pflegt. In der Spielzeit 2018/19 erarbeitete er für das Oldenburgische Staatstheater, gemeinsam mit Sänger*innen des Ensembles, den ‚KlangHelden‘ und dem Oldenburgischen Staatsorchester, das Opernprojekt BRUNDIBAR, nach der Oper von Hans Krása.

Am Theater Bonn inszenierte er zuletzt die Barockoper LA CALISTO von Francesco Cavalli, das Musical FRANKENSTEIN JUNIOR von Mel Brooks und Thomas Meehan und leitete die Musiktheaterreihen SITZKISSENOPER und HINTERHOFOPER. Am Theater Chemnitz inszenierte er das Musical DER KLEINE HORRORLADEN.

Von 2017 bis 2020 war Jens Kerbel auch als Dozent für Rollenarbeit an der Alanus Hochschule für Kunst und Gesellschaft tätig.